Auto-FOX DocumentationΒΆ
- Radial & Angular Distribution Function
- Root Mean Squared Displacement & Fluctuation
- The MultiMolecule Class
- API FOX.MultiMolecule
MultiMoleculeMultiMolecule.atomsMultiMolecule.bondsMultiMolecule.propertiesMultiMolecule.latticeMultiMolecule.round()MultiMolecule.delete_atoms()MultiMolecule.get_supercell()MultiMolecule.concatenate()MultiMolecule.add_atoms()MultiMolecule.guess_bonds()MultiMolecule.random_slice()MultiMolecule.reset_origin()MultiMolecule.sort()MultiMolecule.residue_argsort()MultiMolecule.get_center_of_mass()MultiMolecule.get_bonds_per_atom()MultiMolecule.init_average_velocity()MultiMolecule.init_time_averaged_velocity()MultiMolecule.init_rmsd()MultiMolecule.init_rmsf()MultiMolecule.get_average_velocity()MultiMolecule.get_time_averaged_velocity()MultiMolecule.get_velocity()MultiMolecule.get_rmsd()MultiMolecule.get_rmsf()MultiMolecule.init_shell_search()MultiMolecule.get_at_idx()MultiMolecule.init_rdf()MultiMolecule.init_debye_scattering()MultiMolecule.get_dist_mat()MultiMolecule.get_pair_dict()MultiMolecule.init_power_spectrum()MultiMolecule.get_vacf()MultiMolecule.init_adf()MultiMolecule.TMultiMolecule.all()MultiMolecule.any()MultiMolecule.argmax()MultiMolecule.argmin()MultiMolecule.argpartition()MultiMolecule.argsort()MultiMolecule.astype()MultiMolecule.atnumMultiMolecule.atom1MultiMolecule.atom12MultiMolecule.atom2MultiMolecule.baseMultiMolecule.byteswap()MultiMolecule.choose()MultiMolecule.clip()MultiMolecule.compress()MultiMolecule.conj()MultiMolecule.conjugate()MultiMolecule.connectorsMultiMolecule.copy()MultiMolecule.ctypesMultiMolecule.cumprod()MultiMolecule.cumsum()MultiMolecule.dataMultiMolecule.diagonal()MultiMolecule.dtypeMultiMolecule.dump()MultiMolecule.dumps()MultiMolecule.fill()MultiMolecule.flagsMultiMolecule.C_CONTIGUOUSMultiMolecule.F_CONTIGUOUSMultiMolecule.OWNDATAMultiMolecule.WRITEABLEMultiMolecule.ALIGNEDMultiMolecule.WRITEBACKIFCOPYMultiMolecule.FNCMultiMolecule.FORCMultiMolecule.BEHAVEDMultiMolecule.CARRAYMultiMolecule.FARRAYMultiMolecule.flatMultiMolecule.flatten()MultiMolecule.getfield()MultiMolecule.imagMultiMolecule.item()MultiMolecule.itemset()MultiMolecule.itemsizeMultiMolecule.locMultiMolecule.molMultiMolecule.atoms_viewMultiMolecule.massMultiMolecule.max()MultiMolecule.mean()MultiMolecule.min()MultiMolecule.nbytesMultiMolecule.ndimMultiMolecule.newbyteorder()MultiMolecule.nonzero()MultiMolecule.orderMultiMolecule.partition()MultiMolecule.prod()MultiMolecule.ptp()MultiMolecule.put()MultiMolecule.radiusMultiMolecule.ravel()MultiMolecule.realMultiMolecule.repeat()MultiMolecule.reshape()MultiMolecule.resize()MultiMolecule.searchsorted()MultiMolecule.setfield()MultiMolecule.setflags()MultiMolecule.shapeMultiMolecule.sizeMultiMolecule.squeeze()MultiMolecule.std()MultiMolecule.stridesMultiMolecule.sum()MultiMolecule.swapaxes()MultiMolecule.symbolMultiMolecule.take()MultiMolecule.tobytes()MultiMolecule.tofile()MultiMolecule.tolist()MultiMolecule.tostring()MultiMolecule.trace()MultiMolecule.transpose()MultiMolecule.var()MultiMolecule.view()MultiMolecule.xMultiMolecule.yMultiMolecule.zMultiMolecule.as_pdb()MultiMolecule.as_mol2()MultiMolecule.as_mol()MultiMolecule.as_xyz()MultiMolecule.as_gro()MultiMolecule.as_mass_weighted()MultiMolecule.from_mass_weighted()MultiMolecule.as_Molecule()MultiMolecule.from_Molecule()MultiMolecule.as_ase()MultiMolecule.from_ase()MultiMolecule.from_xyz()MultiMolecule.from_kf()
- API FOX.MultiMolecule
- Addaptive Rate Monte Carlo
- Monte Carlo Parameters
- Multi-XYZ reader
- FOX.ff.lj_param
- PSFContainer
- PRMContainer
- RTFContainer
- TOPContainer
- Properties
- Recipes